在核酸检测基础上，增加抗原检测作为补充，进一步提高病例早发现能力。进一步完善了病例分类收治措施：轻型病例实行集中隔离管理，普通型、重型、危重型病例和有重型高危因素的病例应在定点医院集中治疗。在抗病毒治疗中新增 PF-07321332/利托那韦片（Paxlovid），适用人群为发病 5 天以内的轻型和普通型且伴有进展为重型高风险因素的成人和青少年（12-17 岁，体重≥40kg），以及安巴韦单抗/罗米司韦单抗注射液。
增加“重型/危重型高危人群”的判定标准，并调整了成人和儿童“重型/危重型早期预警指标”。
统一分为“疑似病例”和“确诊病例”两类，确诊病例需有病原学证据阳性结。
增加“应注意粪便及尿对环境污染造成气溶胶或接触传播”传播途径、病理改变、“采用RT-PCR或/和NGS方法”进行核酸检测、血清学检测、重型/危重型临床预警指标、疑似病例排除标准、氢氧混合吸入气（H2/O2 : 66.6%/33.3%）治疗等众多内容。
统一分为“疑似病例”和“确诊病例”两类，确诊病例需有病原学证据阳性结。
抗病毒治疗删除“目前没有确认有效的抗新型冠状病毒治疗方法。”在试用药物中，增加“磷酸氯喹（成人500mg，每日２次）和阿比多尔（成人200mg，每日３次）”两个药物。增加“康复者血浆治疗”，建议适用于病情进展较快、重型和危重型患者。
自2020年1月15日至2月19日，国家卫生健康委办公厅先后共发布了六版新型冠状病毒肺炎诊疗方案，将疾病名称从"新型冠状病毒感染的肺炎"改为"新型冠状病毒肺炎"，对疾病的临床表现、病例定义不断细化，对诊断流程不断优化和简化，使病例的临床管理更加科学。《新型冠状病毒肺炎诊疗方案试行第一版至第六版的制修订历程》中华传染病杂志, 2020,38(03) : 129-133. DOI: 10.3760/cma.j.issn.1000-6680.2020.03.001
2月8日，国家卫生健康委办公厅、国家中医药管理局办公室发布《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第五版 修正版）》，经全国新型冠状病毒肺炎医疗救治专家组充分讨论，考虑到大剂量利巴韦林的安全性，将其使用剂量调整为：成人，500mg/次，每日2至3次静脉输注。
对湖北省以及湖北省以外其他省份的病例诊断标准进行了区分，湖北省增加了“临床诊断病例”分类，对疑似病例具有肺炎影像学特征者，确定为临床诊断病例，以便患者能及早按照确诊病例相关要求接受规范治疗，进一步提高救治成功率。
2月5日，国家卫生健康委办公厅、国家中医药管理局办公室发布《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第五版）》，对非医学专业公众的提示要点包括：氯己定不能有效灭活病毒，无症状感染者也可能成为传染源，目前没有确认有效的抗病毒治疗方法等。
1月27日，国家卫生健康委办公厅、国家中医药管理局办公室发布《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第四版）》，加强中西医结合，建立中西医联合会诊制度。
2020年1月22日，国家卫生健康委办公厅、国家中医药管理局办公室发布《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第三版）》。